Państwowy Rejestr Muzeów to wykaz polskich muzeów, prowadzony przez ministra kultury i dziedzictwa narodowego, stanowiących skarb nie tylko dla mieszkańców regionu, ale również całego kraju. Wpis do tego rejestru ma znaczenie prestiżowe: stanowi potwierdzenie wysokiego poziomu działalności merytorycznej muzeum i unikatowości gromadzonych zbiorów. Muzeum wpisane do Państwowego Rejestru Muzeów otrzymuje uprawnienie do używania nazwy "muzeum rejestrowane" i uzyskuje przywilej korzystania ze szczególnej ochrony i pomocy finansowej państwa.
Wśród muzeów Województwa Małopolskiego miano "muzeum rejestrowane" uzyskało do tej pory:
- Muzeum Okręgowe w Tarnowie,
- Muzeum Archeologiczne w Krakowie,
- Muzeum Lotnictwa Polskiego w Krakowie,
- Muzeum Okręgowe w Nowym Sączu,
- Muzeum Tatrzańskie im. Dra Tytusa Chałubińskiego w Zakopanem,
- Muzeum Etnograficzne im. Seweryna Udzieli w Krakowie.