Utworzona 18 lutego 2010 roku jednoosobowa spółka Województwa Małopolskiego pod firmą Szpital Specjalistyczny im. Ludwika Rydygiera sp. z o.o. Szpital Specjalistyczny im. L. Rydygiera od 1 lipca 2010 roku prowadzi działalność jako Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowotnej. Głównym źródłem finansowania szpitala jest kontrakt z NFZ (o wartości ok. 116 mln zł na 2011), dodatkowo szpital prowadzi działalność komercyjną, która od lipca 2010 roku przyniosła 1 mln zł przychodu. Do 1 lipca 2011 r. działalność komercyjna szpitala ma zostać przeniesiona do nowoutworzonego Małopolskiego Centrum Medycznego im. L. Rydygiera.
Jak wyjaśniał na posiedzeniu Komisji Rewizyjnej prezes spółki Wojciech Szafrański, główne jej zadania realizowane w 2011 roku obejmują modernizację szpitalnych pomieszczeń, zasobów sprzętu i aparatury, rozwijanie wysokospecjalistycznych technologii medycznych poprzez poszukiwanie inwestorów zewnętrznych dla realizacji projektu budowy Ośrodka Radioterapii i Ośrodka Tlenoterapii Hiperbarycznej, oraz rozwijanie działalności w specjalnościach deficytowych dla Małopolski m.in. endokrynologii, diabetologii, chemioterapii i psychoonkologii.
Komisja Rewizyjna pozytywnie oceniła przeprowadzane zmiany organizacyjne skutkujące zmianami zasad funkcjonowania szpitala. - Przyjęty i realizowany kierunek daje szansę na świadczenie usług medycznych na zdrowych zasadach i zapewnienie realizacji zadań statutowych, mimo zagrożeń wynikających z niepełnego kontraktowania usług przez Narodowy Fundusz Zdrowia - podkreśla Józef Lassota.
