Obecnie trwa budowa poziomu minus jeden, gdzie znajdą się kluczowe pomieszczenia centrum – od strefy obsługi zwiedzających, przez sale ekspozycyjne (wystawa stała "Człowiek i jego marzenia"), laboratoria i pracownie, magazyny, a na parkingu podziemnym i pomieszczeniach technicznych kończąc.
Na wyższych piętrach powstaną jeszcze: Akademia Dzieci (z osobną wystawą i salami warsztatowymi dla dzieci przedszkolnych), restauracja, dwie sale konferencyjne oraz część administracyjna. Budynek będzie się stopniowo wznosił w kierunku al. Bora-Komorowskiego. Na dachu znajdziemy ogród z wejściem od strony pasa startowego dawnego lotniska Rakowice-Czyżyny. Obok budynku zaplanowano 2-hektarowy park z placem zabaw. Postępy prac można zobaczyć w filmie, który zawiera m.in. zdjęcia z drona z listopada 2021 oraz marca 2022 roku:
https://www.youtube.com/watch?v=S_kUyaxi9tI
Otwarcie Cogiteonu planowane jest na 2023 rok.
Budowa jest finansowana ze środków Unii Europejskiej oraz budżetu Województwa Małopolskiego.