W obsłudze Podhalańskiej Kolei Regionalnej ma udział także Spółka Koleje Śląskie. Operator w wakacje codziennie przyjeżdża do Zakopanego pociągiem „Ornak” z Katowic oraz obsługuje dodatkowo jedną parę z Zakopanego do Nowego Targu. Ponadto w wakacyjne weekendy oraz 15 sierpnia na trasę wyrusza przyspieszona „Luxtorpeda” Kolei Małopolskich, którą z Krakowa do Zakopanego można dojechać w 3 godziny i 12 minut.
Linia kolejowa Chabówka – Zakopane jest obecnie poddawana rewitalizacji, która będzie trwała do grudnia 2020 r. z przerwami na sezon letni i zimowy. Po zakończeniu robót podniesiona zostanie prędkość pociągów oraz poprawiony zostanie standard obsługi podróżnych na stacjach i przystankach. Wybudowane zostaną także nowe przystanki: Bańska Geotermia (pomiędzy przystankiem Szaflary Wieś a stacją Biały Dunajec) oraz Poronin Misiagi (pomiędzy Poroninem a Zakopanem). Prace inwestycyjne prowadzone są również na odcinku Kraków – Sucha Beskidzka.
Od poniedziałku 2 września br. Spółka PKP PLK S.A. rozpoczyna kolejny etap remontu linii kolejowej Chabówka – Zakopane. Nie oznacza to jednak, że wszystkie pociągi ponownie zostaną zastąpione przez autobusy. Mając na uwadze dobro lokalnych mieszkańców, Województwo Małopolskie oraz Operator Przewozy Regionalne sp. z o.o. przeprowadzili rozmowy z Zarządcą Infrastruktury, skutkiem których w okresie od 2 września do 14 grudnia br. wszystkie prace torowe zostaną skoncentrowane na odcinku Chabówka – Nowy Targ. Oznacza to, że odcinek między Nowym Targiem a Zakopanem będzie przejezdny i możliwe będzie prowadzenie na nim ruchu pociągów. Aby umożliwić bezpieczne ich kursowanie Spółka Przewozy Regionalne pozostawi w Zakopanem odpowiednią liczbę taboru oraz zapewni możliwość wykonania właściwej obsługi technicznej.
