Zmiany w organizacji połączeń to decyzja podjęta głównie ze względów ekonomicznych. Każda z linii obsługiwanych w Małopolsce przez Przewozy Regionalne Sp. z o.o. wymaga dotacji, której wysokość w kolejnych latach systematycznie wzrastała - od 36 mln zł w 2006 r. do 92 mln zł. w 2012r. Wpływy z biletów pokrywało od nieco ponad 8 proc. ogólnych kosztów (linia Kraków-Oświecim) do ponad 70 proc. (linia Tarnów-Kraków).
- Województwo Małopolskie jest zobligowane do pokrycia deficytu przewoźnika, któremu zlecamy wykonywanie połączeń kolejowych. W ostatnich latach koszty wyraźnie wzrosły, a my jesteśmy w stanie stale zwiększać dotacji, dlatego też analizie poddaliśmy rentowność wszystkich linii kolejowych - tłumaczył wicemarszałek Roman Ciepiela. - Nie ma żadnych przesłanek, by dopłacać do nierentownych połączeń, z których korzysta znikoma liczba podróżnych - mówił wicemarszałek.
Z takiego właśnie powodu od 9 grudnia z rozkładu zniknie najmniej popularne i nierentowne połączenie kolejowe na trasie Kraków-Oświęcim-Kraków przez Skawinę. Koszty utrzymania tej linii były bardzo wysokie, jednocześnie cieszyła się ona nikłym zainteresowaniem pasażerów. W pierwszym półroczu 2012r. w ciągu doby kursowało na tej trasie 11 pociągów, z których każdy przewoził średnio po 45 pasażerów. Przez całą dobę z połączenia korzystało ok. 500 pasażerów (wśród których 250 to pracownicy kolei), którzy łącznie generowali dochody w wysokości 82 zł na dobę. Dane Przewozów Regionalnych wskazują, że z miesięcznych biletów na tej linii korzystało jedynie 20 uczniów i 3 studentów.
Jak tłumaczy dyrektor Małopolskiego Zakładu Przewozów Regionalnych w Krakowie Andrzej Siemieński wiele zmian związanych jest również z pracami modernizacyjnymi, które PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. prowadzi m.in. na liniach 91 (Kraków-Tarnów) i 133 (Kraków-Katowice), a także z przejęciem obsługi niektórych linii przez Koleje Śląskie (Oświęcim-Czechowice Dziedzice, Oświęcim-Katowice i Wadowice-Bielsko Biała), czy „oterminowaniem” niektórych połączeń czyli ograniczeniem niektórych kursów na danej linii w ciągu doby lub w dni świąteczne.
O wszystkich utrudnieniach i zmianach pasażerowie będą powiadamiani dzięki specjalnie przygotowanym ulotkom i plakatom, bezpośrednio przez konduktorów w pociągach, poprzez komunikaty ogłaszane przez megafony na dworcach a także na stronie internetowej Przewozów Regionalnych.
Zmiany dotyczące nierentownych połączeń pozwolą m.in. na przeznaczenie zaoszczędzonych pieniędzy na modernizację infrastruktury i taboru kolejowego.
- W ciągu najbliższych 2-3 lat planujemy zakup 20 nowoczesnych pociągów za ok. 281 mln zł - mówił wicemarszałek Roman Ciepiela. - W ramach Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej powstaną węzły przesiadkowe oraz parkingi typu „Parku i jedź” w Tarnowie, Bochni, Krzeszowicach i Trzebini - zapowiedział wicemarszałek.
