Małopolski Zarząd Melioracji i Urządzeń Wodnych 14 maja wprowadził dyżury telefoniczne pracowników funkcyjnych. 16 maja od godziny 9.00 uruchomiono magazyny przeciwpowodziowe w Krakowie, Tarnowie i Oświęcimiu. W niedzielę wydawane były worki i pompy (do godz. 19 wydano w Krakowie 5 agregatów pompowych i 45 tys. worków na piasek). Ponadto wprowadzono stały dyżur osób funkcyjnych. W Tarnowie rozpoczęto wydawanie 20 tys. worków. W Oświęcimiu wydano dwie pompy o dużej mocy.
Do dyspozycji są 34 agregaty o dużej mocy oraz 30 agregatów o mniejszej mocy, które z powodzeniem można zastosować w budynkach mieszkalnych. Wszystkie te urządzenia są sprawne i gotowe do użycia od zaraz. Bazy powodziowe dysponują ponad milionem worków. W porozumieniu ze strażą pożarną wydawane są pompy w różne rejony w zależności od potrzeb.
W Małopolsce wprowadzono całodobowe dyżury w powiatach, Oddziałach Zamiejscowych Wydziału Bezpieczeństwa i Zarządzania Kryzysowego oraz magazynach przeciwpowodziowych. W działaniach zabezpieczających biorą udział wszystkie służby, straże, inspekcje, którymi kierują samorządy terytorialne. W niedzielę w akcji brało udział: 277 ratowników PSP i 111 samochodów oraz 1120 ratowników OSP i 434 samochodów.
16 maja na całym obszarze województwa występowały głównie podtopienia terenu, zalania piwnic, podmywania budynków oraz osunięcia gruntu w korytach potoku, które wynikają głównie z intensywnych opadów deszczu. Główne rzeki mieściły się w korytach.
W Krakowie zalane i nieprzejezdne były ulice: Korepty, Bieżanowska, Popiełuszki, Jadlarzy, Lipowskiego i Kusia. Nieprzejezdne były droga wojewódzka nr 965 w Bochni i droga powiatowa Chronów – Nowy Wiśnicz oraz drogi powiatowe w powiecie brzeskim: nr 75 w m. Uszew oraz Poręba Spytkowska-Brzeźnica (w Jadłownikach), Brzesko – Cerkiew i drogi gminne: Poręba Spytkowska-Pomianowa i Poręba Spytkowska - Uszew. W miejscowości Tęgoborze (powiat nowosądecki) powstało usuwisko stwarzające zagrożenie dla budynku mieszkalnego. Ewakuowano 4 osoby (w tym 2 dzieci) do najbliższej rodziny.
O godz. 21.30 został przekroczony stan alarmowy na wodowskazie w Krakowie-Bielanach. Prezydent miasta ogłosił alarm przeciwpowodziowy na terenie Krakowa. Wszystkie służby i jednostki odpowiedzialne za zminimalizowanie negatywnych skutków powodzi zostały postawione w stan pełnej gotowości.