Teraz marszałek, w zamian za wojewodę, wydaje decyzje o wprowadzaniu gazów lub pyłów do powietrza oraz pozwolenia na udział w systemie handlu emisjami – zatwierdza także instrukcje eksploatacji składowisk odpadów, a ponadto wydaje zgodę na ich zamknięcie. Od tego roku samorząd województwa będzie również kontynuował opracowywanie programów ochrony powietrza i programów ochrony przed hałasem.
29 stycznia członek Zarządu Województwa Małopolskiego Wojciech Kozak na konferencji prasowej poświęconej nowym kompetencjom w zakresie ochrony środowiska omówił m.in. problem nieadekwatności sformułowania „opłata marszałkowska” i jego negatywnego społecznie odbioru. Z dniem 1 stycznia 2008 roku Rada Ministrów zwiększyła pięciokrotnie wysokość opłaty za składowanie między innymi zmieszanych odpadów komunalnych. Opłata dotyczy odpadów niesegregowanych (wytwarzanych przez gospodarstwa domowe), obciąża zarządzających składowiskami, więc ma wpływ na cenę usług związanych z odbieraniem odpadów. Marszałek województwa, zobligowany przepisami ustawy Prawo ochrony środowiska, jest odpowiedzialny za pobieranie opłaty za korzystanie ze środowiska a następnie przekazywanie jej na konta funduszy ochrony środowiska i gospodarki wodnej (gminnych, powiatowych, Wojewódzkiego oraz Narodowego). W związku z powyższym opłata za gospodarcze korzystanie ze środowiska nie jest, jak to się często nazywa w języku potocznym „opłatą marszałkowską”.
