W budynku ZCMR (Budynek E) będą się mieściły oddziały intensywnej opieki medycznej, neurologii z pododdziałem udarowym, kardiologii interwencyjnej, chirurgii naczyń.
Natomiast w budynku badawczo-leczniczym (Budynek D), obok pracowni badawczych, będą oddziały: onkologiczny, chorób cywilizacyjnych i chorób płuc.
W najbliższym czasie KSS im. JP II planuje rozszerzyć działalność o chirurgię ogólną oraz świadczenie usług komercyjnych w związku z wejściem w życie dyrektywy 2011/24/UE Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 9 marca 2011 r. w sprawie stosowania praw pacjentów w transgranicznej opiece zdrowotnej.
Koncepcja zagospodarowania nowych budynków i docelowej struktury organizacyjnej szpitala była poprzedzona licznymi uzgodnieniami z dyrekcją szpitala oraz opiniami małopolskich autorytetów i specjalistów w dziedzinie medycyny. Aprobatę dla takiego rozwiązania wyraziło także Prezydium Komisji Ochrony Zdrowia Sejmiku Województwa Małopolskiego oraz gremia monitorujące rozwój szpitala - Rada Społeczna i Rada Naukowa. Intencja Zarządu Województwa Małopolskiego jest taka, by wypracowana formuła zagospodarowania budynków pozwoliła szpitalowi rozwijać się przez najbliższe lata przy zachowaniu wysokich standardów i renomy.
*** Zintegrowane Centrum Medycyny Ratunkowej w Krakowskim Szpitalu Specjalistycznym im. Jana Pawła II to inwestycja współfinansowana z MRPO 2007-2013. Całkowity koszt projektu to 65 295 789,26 zł, kwota dofinansowania wynosi 55 027 670,00 zł. Celem projektu jest utworzenie na terenie Krakowskiego Obszaru Metropolitalnego w pełni profesjonalnego centrum specjalistycznej medycyny ratunkowej o zasięgu regionalnym. W ramach ZCMR będą przyjmowani i leczeni chorzy w stanach zagrożenia życia w ostrych schorzeniach narządów klatki piersiowej, serca i naczyń a także będą wykonywane procedury ratujące życie.