Z dniem 1 stycznia 2008 r. samorząd województwa przejął od wojewody nowe zadania wynikające z ustawy Prawo ochrony środowiska, ustawy o odpadach, ustawy o międzynarodowym przemieszczaniu odpadów, ustawy prawo wodne i ustawy o handlu uprawnieniami do emisji do powietrza gazów cieplarnianych i innych substancji. Jednocześnie pracownicy Wydziału Środowiska i Rolnictwa Małopolskiego Urzędu Wojewódzkiego w Krakowie, realizujący zadania wynikające z ustaw, stali się pracownikami Urzędu Marszałkowskiego Województwa Małopolskiego.
Przejęte do realizacji zadania to przede wszystkim wydawanie dla zakładów decyzji na wprowadzanie gazów lub pyłów do powietrza, na wytwarzanie odpadów i pozwoleń wodnoprawnych. Po stronie samorządu województwa będzie również opracowywanie programów ochrony powietrza oraz ochrony przed hałasem.
