Marek Nawara niemal całe swoje zawodowe życie poświęcił samorządowi. Przez pierwsze dwie kadencje był wójtem gminy Zielonki i przewodniczący Sejmiku Województwa Krakowskiego. 0d 1997 do 1999 pełnił funkcję posła na Sejm RP (wiceprzewodniczący Komisji Samorządu Terytorialnego, przewodniczący Podkomisji Nadzwyczajnej do Rozpatrzenia Rządowego Projektu Ustawy o Dochodach Jednostek Samorządu Terytorialnego).
Marek Nawara był jednym z twórców obecnego kształtu ustroju samorządu w Polsce oraz jednym z najaktywniejszych polskich samorządowców. Gdy pełnił funkcje wójta, gmina Zielonki była wielokrotnie przywoływana i nagradzana, jako wzór samorządowego sukcesu; w 1998 r. otrzymała między innymi tytuł Gmina jakich mało, a wszyscy jej mieszkańcy jako pierwsi w Polsce objęci zostali opieką lekarza rodzinnego.
W kadencji 1998-2002 Marszałek Małopolski Marek Nawara koordynował prace nad przygotowaniem pierwszej strategii rozwoju województwa. Zastosowano wtedy unikatowe rozwiązanie polegające na szerokiej partycypacji społeczności regionu w tworzeniu strategii poprzez stworzenie tzw. Małopolskiej Listy Szans. Był to ewenement w skali krajowej. Marek Nawara był też inicjatorem powstania pierwszego w Polsce internetowego portalu regionalnego Wrota Małopolski. Z jego inicjatywy Województwo Małopolskie wprowadziło system dotacji na rzecz ratowania zabytków, wspierania bezpieczeństwa poprzez przekazywanie samochodów strażackich jednostkom OSP w regionie oraz zasłynęło z kompleksowego podejścia do problemów transportu publicznego. Województwo Małopolskie było i jest liderem samorządowych rankingów. W 2007 roku Małopolska znalazła się w grupie pierwszych polskich województw, które podpisały Regionalny Program Operacyjny, a w 2008 pozytywnie odpowiedziały na rządowy projekt Orlik 2012.
Odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi Krzyżem Kawalerskim, Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski, Medalem Komisji Edukacji Narodowej, Złotym Medalem za Ratowanie Życia i Ochronę Mienia oraz Srebrnym Medalem 600-lecia Odnowienia Akademii Krakowskiej. Człowiek Roku 2000 w plebiscycie Gazety Krakowskiej. Za szczególne zasługi dla samorządności w Polsce wyróżniony Nagrodą im. Grzegorza Palki (nazywanej samorządowym Oskarem). W 2010 r. podczas Kongresu 20-lecia Polskiego Samorządu otrzymał Różę im. Franciszki Cegielskiej – nagrodę za szczególne zasługi dla samorządności w PolscLaureat m.in. nagrody im. Grzegorza Palki - Oskara Samorządowego (2001 r.), Róży Franciszki Cegielskiej (2010 r.) oraz Krzyża Kawalerskiego Orderu Odrodzenia Polski (2005 r.) i Krzyża Oficerski ego Orderu Odrodzenia Polski (2009 r.) za wybitne zasługi dla polskiego samorządu terytorialnego oraz za budowę ustrojowej i społecznej pozycji samorządu terytorialnego.
Zmarł w swoim domu w Batowicach 25 maja 2011 r.
W związku z 6. rocznicą śmierci zaplanowano msze św. w intencji pierwszego marszałka Małopolski. Pierwsza, 25 maja, o godz. 18.00 w Hebdowie, w w ponorbertańskim zespole kościelno-klasztornym. Druga, 28 maja, o godz. 13.00 w Bazylice Mariackiej w Krakowie, gdzie 6 lat temu odbyła się liturgia pogrzebowa Marka Nawary i skąd odbył swoją ostatnią drogę na miejsce spoczynku w Alei Zasłużonych na Cmentarzu Rakowickim.
