W 1734 r. w świątyni wybuchł pożar, który zniszczył znaczną część zdobienia i wyposażenia barokowego kościoła. Remont i odbudowa kościoła trwały 25 lat i zostały ukończone w 1760 r. Znaczne koszty na te prace ofiarowała Elżbieta z Potockich Szczuczyna, Jerzy Dzieduszycki i jego żona Maria z Zamoyskich Dzieduszycka.
Jednym z najważniejszych zadań podczas remontu kościoła jezuitów pw. śś. Piotra i Pawła po pożarze 1734 roku było ozdobienie jej nowymi malowidłami ściennymi. W tym celu ojcowie jezuici zaprosili z miasta Brno w Morawach utalentowanego artystę – malarza, absolwenta rzymskiej akademii św. Łukasza, Franciszka Ecksteina. Największym dziełem tego malarza jest polichromia w krakowskim kościele zakonu Pijarów pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego. Malował ją sam przez sześć lat, począwszy od 1727 roku. Jego malowidła pokrywają wszystkie ściany kościoła oraz zakrystię, pozostała dekoracja, zarówno rzeźbiarska, jak i architektoniczna, jest jedynie uzupełnieniem jego dzieła i została zredukowana do minimum.
W 1739 r. Eckstein rozpoczął prace w nawie głównej lwowskiego kościoła. Pomagał mu syn Sebastian Jan. Na sklepieniu prezbiterium artyści wykonali kompozycję freskową kolosalnych rozmiarów, na której przedstawiono cztery strony świata w postaci kilkudziesięciu dużych figur zgrupowanych dookoła kuli ziemskiej. Ta alegoryczna ilustracja nawiązywała do tematu „św. Paweł – apostoł narodów”, o czym świadczy napis w języku łacińskim: „Aby niósł imię moje przed narody i królmi”. Następne cztery kompozycje przedstawiają sceny: „Kazanie św. Piotra”, „Pan Jezus przekazuje klucze św. Piotrowi” jako symbol najwyższej władzy kościelnej z napisem „Tobie dam klucze Królestwa Niebieskiego”. Dalej scena „Św. Piotr wśród kalek”, w której apostoł został przedstawiony u bramy jerozolimskiej, a obok niego – uzdrowiony kaleka. W części środkowej nawy namalowano również herby fundatorów kościoła, nad chórem muzycznym fresk „Apoteoza św. Ignacego Loyoli” inna nazwa „Święci zakonu jezuitów”. Franciszek Eckstein zmarł w 1741 r. Freski w nawach bocznych i zakrystii wykonał już Eckstein, junior. W 1944 r. podczas bombardowania Lwowa jedna mała bomba trafiła w dach kościoła nad częścią ołtarzową i przebiła sklepienie. Uszkodzony został fresk „Kazanie św. Piotra”. Jezuici załatali dziurę, ale gruntownego remontu nie przeprowadzono do dnia dzisiejszego.
