Jacek Koprowicz, scenarzysta i reżyser filmu, zaproponował nowe spojrzenie na tajemniczą śmierć Witkacego. Według niego artysta nie popełnił samobójstwa, lecz mieszka u kochanki Czesławy, a jego ostatnim dziełem jest kłamstwo, najpiękniejsze ze sztuk. Jego typowe kierunki to na dudka-wystrychizm, neo-naciąganizm, fałszyzm, mistyficyzm, nabiearnizm, kręcizm, udawanizm, nieszczeryzm, łgizm, w pole-wprowadzanizm, omamizm...
Zdjęcia, które rozpoczęły się 15 kwietnia 2009, trwały 33 dni. Sceny do filmu powstały w Małopolsce, większość - w Krakowie, część - w Zakopanem, Lanckoronie i w Puszczy Niepołomickiej. Na potrzeby filmu stworzono ponad 30 kopii obrazów artysty.
Produkcja „Mistyfikacji” została dofinansowana w ramach uruchomionego w 2009 r. przez Województwo Małopolskie wspólnie z Gminą Miejską Kraków projektu „Regionalny Fundusz Filmowy”. W jego ramach jest organizowany „Konkurs na Wspieranie Produkcji Filmowej", którego celem jest dofinansowanie najciekawszych produkcji filmowych związanych z województwem małopolskim i miastem Kraków poprzez tematykę, twórców, a przede wszystkim przez miejsce realizacji filmu.
Projekt, wzorowany na działających już w Polce regionalnych funduszach filmowych, jest efektem współpracy władz samorządowych i miejskich. Województwo Małopolskie zaangażowało środki w wysokości pół miliona złotych, Gmina Miejska Kraków dodała kolejny milion. Powstały w ten sposób budżet został przeznaczony na dofinansowanie produkcji filmowych, wyłonionych w "I Konkursie na Wspieranie Produkcji Filmowej":
- film fabularny "Mała Matura 1947" - reż. Janusz Majewski,
- film fabularny "Mistyfikacja" - reż. Jacek Koprowicz,
- film dokumentalny "Żydowski Śpiewnik Wojenny" - reż. Łukasz Czuj.
