Kościół od 1945 r. był zamkniętym magazynem, w którym zgromadzono zbiory dawnego Zakładu im. Ossolińskich we Lwowie. Wnętrze świątyni niezabezpieczone i niekonserwowane w okresie powojennym ulegało powolnej dewastacji.
Małopolscy specjaliści z Wydziału Konserwacji i Restauracji Dzieł Sztuki Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie jako pierwsi zaoferowali swoją pomoc przy konserwacji bezcennych malowideł. Pomimo wielu przeszkód w uzyskaniu wymaganych pozwoleń razem ze studentami Akademii Sztuk Pięknych we Lwowie przeprowadzili prace inwentaryzacyjne wnętrza perły baroku wschodnioeuropejskiego. Przeprowadzona inwentaryzacja była pierwszym niezbędnym etapem prawidłowej konserwacji obiektu.
Jednym z efektów warsztatów jest wystawa prezentująca aktualny stan zachowania malowideł w świątyni, eksponowana w Małopolskim Ogrodzie Sztuki w dniach 3 – 9 grudnia 2012 r.
W 2013 r. zaplanowano kontynuację warsztatów, których celem będzie opracowanie kompleksowego programu prac konserwatorskich dla pojezuickiego obiektu.
