Cały teren pod budowę Małopolskiego Centrum Nauki to prawie 4 ha. Teraz znajdują się tam działki Gminy Miejskiej Kraków w użytkowaniu wieczystym Muzeum Lotnictwa Polskiego, działka Politechniki Krakowskiej im. T. Kościuszki w Krakowie oraz dwie działki prywatne. Zgoda Sejmiku Województwa Małopolskiego umożliwia zakup działek prywatnych i podjęcie dalszych kroków prowadzących do pozyskania całego terenu. Ostatnim etapem jest ustalenie szczegółów nabycia działek z Politechnika Krakowską oraz uzyskanie zgody Rady Miasta Krakowa na przekazanie niezbędnych terenów na rzecz utworzenia centrum nauki.
Szacuje się, że powierzchnia użytkowa MCN będzie wynosić ok. 10 tys. m2. W budynku powstaną miejsca dla wystawy stałej i wystaw czasowych, laboratoriów oraz te przeznaczone do prowadzenia warsztatów i innych zajęć. Na zewnątrz budynku powstaną tereny zielone z małą architekturą - rekreacyjno-warsztatowy i widowiskowy o powierzchni ok. 4 000 m2. Będą otwarte i dostępne dla mieszkańców. Planowane jest też stworzenie miejsca plenerowego na potrzeby pokazów czy urządzeń interaktywnych.
Małopolskie Centrum Nauki będzie nowym, unikatowym miejscem na mapie Małopolski. Ma nie tylko prezentować aktualne osiągnięcia naukowe, ale przede wszystkim w atrakcyjny i oryginalny sposób zachęcać do zgłębiania tajników nauki, inspirować do jej wykorzystywania na co dzień, rozbudzać ciekawość, rozwijać talenty i współpracę pomiędzy przedstawicielami wielu dziedzin: nauki, sztuki, edukacji, przedsiębiorczości, działalności społecznej.
Jednocześnie MCN będzie podkreślało unikatową tożsamość i potencjał Małopolski. Inwestycja powstanie przy wsparciu funduszy europejskich w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego na lata 2014-20.
