Uroczystość rozpoczął metropolita krakowski, kardynał Stanisława Dziwisz, który przekazał słowa papieża Benedykta XVI wygłoszone specjalnie na ta okazję – Pragnę przekazać wszystkim uczestnikom dzisiejszej uroczystości szczególne pozdrowienia od Ojca Świętego Benedykta XVI. Dziś, w jego imieniu mam przekazać insygnia rektorskie rektorowi księdzu Władysławowi Zuziakowi – mówił kardynał, dziękując równocześnie księdzu prof. Janowi Dyduchowi, który pełnił dotychczas funkcję rektora uczelni. Kardynał powitał także gości specjalnych przybyłych na uroczystość: kardynała Stanisława Ryłko oraz nuncjusza apostolskiego w Polsce Celestino Migliore. Po wręczeniu insygniów rektor Zuziak podsumował najważniejsze osiągnięcia uczelni w ubiegłym roku akademickim oraz przedstawił plany uniwersytetu na kolejny rok – Chcemy kształcić ludzi wszechstronnie przygotowanych do zmierzenia się z wyzwaniami tego świata. Jestem przekonany, że Uniwersytet Papieski będzie coraz bardziej wpisywał się w historię Krakowa, Polski i Europy – mówił zwracając się do studentów.
Następnie odbyła się uroczysta immatrykulacja studentów I roku, podczas której przedstawiciele wszystkich wydziałów uczelni odczytali tekst ślubowania i otrzymali indeksy. Ceremonię inauguracji roku akademickiego dopełnił wykład inaugurujący prof. dr hab. Antoniego Jackowskiego - „Człowiek pielgrzymujący”.
Podczas uroczystości władze uczelni wręczyły Złote Medale pontyfikatu Jana Pawła II za zasługi dla Archidiecezji Krakowskiej. Marszałek Marek Nawara został odznaczony medalem za wsparcie budowy Biblioteki Papieskiej oraz zaangażowanie w ochronę dziedzictwa kulturowego w naszym województwie.
- Fakt uhonorowania Złotym Medalem Pontyfikatu Jana Pawła II za zasługi dla Archidiecezji Krakowskiej przyjmuję z najwyższą pokorą, jako dowód zaufania metropolity krakowskiego dla działań, które Województwo Małopolskie podejmowało i podejmuje na rzecz rozwoju instytucji służących misji zachowania pamięci o Ojcu Świętym Janie Pawle II, Jego Pontyfikacie i Jego wielkim dziele - powiedział marszałek, odbierając medal.
Podobne odznaczenia otrzymali także senatorowie: Stanisław Bisztyga, Kazimierz Wiatr, Zbigniew Cichoń oraz posłowie: Ireneusz Raś i pośmiertnie Zbigniew Wassermann. W swoim wystąpieniu marszałek Nawara złożył podziękowania na ręce byłego rektora prof. Jana Dyducha za pracę na rzecz uczelni. Oprócz listu gratulacyjnego przekazał mu także pamiątkową grafikę - W czasie sprawowania przez Księdza Profesora funkcji Rektora decyzją Ojca Świętego Benedykta XVI Papieska Akademia Teologiczna podniesiona została do godności Uniwersytetu Papieskiego im. Jana Pawła II. Gratuluję księdzu profesorowi wielu znaczących osiągnięć w służbie prawdzie, nauce i kulturze. Życzę wytrwałości, wielu sukcesów w piastowaniu nowych odpowiedzialnych i ważnych funkcji, kolejnych osiągnięć naukowych oraz satysfakcji z realizacji postawionych sobie zadań - mówił marszałek Marek Nawara.
- Życzę, aby w rozpoczynającym się nowym roku akademickim 2010/2011 Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie nadal prężnie się rozwijał i przyciągał w swoje progi twórczych młodych ludzi, zainteresowanych światem i nauką – dodał marszałek.