Wojewoda zajmując ponownie stanowisko w tej sprawie był zobligowany wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z września 2008 r., który stwierdził, iż w postępowaniu administracyjnym nie wyjaśniono wszystkich istotnych okoliczności sprawy. Złożone w toku postępowania przez ZUS oświadczenia spowodowały (w ocenie sądu obu instancji), że nieruchomość przy ul. Batorego 3 przynajmniej w części zajmowanej przez Wojewódzką Przychodnię Stomatologiczną nie jest niezbędna ZUS do wykonywania jego zadań. Zatem do Wojewody należało jedynie ustalenie zakresu powierzchni przeznaczonych do zwrotu na rzecz ZUS, co zajęło podległym mu służbom prawie 2 lata.
Województwo Małopolskie nie otrzymało jeszcze decyzji wojewody stąd też nie może się odnieść się do przyjętego sposobu wyliczenia powierzchni niezbędnej dla ZUS, jak również do zajętego przez wojewodę stanowiska, iż pozostała część nieruchomości będzie „przekazana (...) w części miastu, w części samorządowi Województwa Małopolskiego”.
Jednocześnie Urząd Marszałkowski stwierdza, że poszukiwanie przez pozostałe strony postępowania alternatywnej siedziby dla ZUS nie może być wiązane z wynikiem rozstrzygnięcia administracyjnego prowadzonego przez wojewodę natomiast mogło stanowić przygotowanie procesów zamiany nieruchomości pomiędzy uczestnikami postępowania, ale dopiero po uprawomocnieniu się rozstrzygnięcia wojewody małopolskiego.
