Główne uroczystości inauguracyjne w Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się” poprzedziła msza święta odprawiona w Sanktuarium Świętego Jana Pawła II. Mszy przewodniczył abp prof. dr hab. Marek Jędraszewski.
Zgromadzonych studentów, pracowników i zaproszonych gości powitał Rektor Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie, ks. prof. Robert Tyrała. Po przemówieniu inauguracyjnym uroczyście wręczono odznaczenia państwowe, nadane zasłużonym wykładowcom i pracownikom Uniwersytetu Papieskiego Jan Pawła II w Krakowie przez Prezydenta RP Andrzeja Dudę. W jego imieniu wręczył je dyrektor generalny Ministerstwa Edukacji i Nauki pan Sławomir Adamiec.
Za zasługi w działalności na rzecz rozwoju nauki zostali odznaczeni: o. prof. dr hab. Jan Mazur - Złotym Krzyżem Zasługi i prof. dr hab. Wiesław Delimat – Srebrnym Krzyżem Zasługi. Przyznane zostały także Medale za Długoletnią Służbę: Złoty Medal otrzymał ks. prof. dr hab. Józef Marecki - za wzorowe, wyjątkowo sumienne wykonywanie obowiązków wynikających z pracy zawodowej, Medal Brązowy dr Joanna Maria Małocha. Uhonorowany został również ks. prof. dr hab. Józef Makselon, któremu za szczególne zasługi dla oświaty i wychowania przyznano Medal Komisji Edukacji Narodowej.
Po wręczeniu odznaczeń i medali głos zabrali zaproszeni goście, m.in. wicewojewoda Ryszard Pagacz, który odczytał list premiera Mateusza Morawieckiego, dyrektor generalny Ministerstwa Edukacji i Nauki Sławomir Adamiec oraz marszałek Witold Kozłowski.
Marszałek Witold Kozłowski pogratulował odznaczonym i podziękował władzom oraz pracownikom Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II za pracę, której celem jest kształcenie kadr naukowych i kolejnych pokoleń Polaków w duchu patriotyzmu i chrześcijańskiego humanizmu.
W imieniu własnym i samorządu województwa małopolskiego pragnę przekazać całej uniwersyteckiej wspólnocie najlepsze życzenia. Życzę aby Uczelnia, nieustannie czerpiąc z bogatego dziedzictwa przeszłości i dorobku naukowego Świętego Jana Pawła II – Patrona Małopolski, wzmacniała i rozwijała swoją pozycję, jako ważnego ośrodka akademickiego na mapie naszego regionu i kraju
- powiedział marszałek Witold Kozłowski.
Zaznaczył jednocześnie, że samorząd województwa uważa małopolskie uczelnie za jednego z fundamentalnych partnerów w realizacji zadań na rzecz rozwoju i unowocześniania regionu.
Zawsze podkreślam, jak bardzo ważna jest synergia i rzeczowa, merytoryczna współpraca między nami dla dobra Małopolski. Dlatego raz jeszcze serdecznie dziękuję Księdzu Rektorowi za obecność Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w pracach Rady Naukowej ds. Strategicznych Kierunków Rozwoju Małopolski. Jako marszałek województwa małopolskiego chcę zapewnić, że samorząd województwa, wedle swoich możliwości i przypisanych mu kompetencji, będzie zawsze wspierał działania służące wzmacnianiu małopolskich uczelni
- dodał marszałek Witold Kozłowski, życząc zebranym sukcesów i prawdziwie dobrego, pomyślnego roku akademickiego.
Po przemówieniach i odczytaniu listów gratulacyjnych nastąpiła uroczysta immatrykulacja studentów, którą przeprowadziła prorektor ds. studenckich i dydaktyki prof. Małgorzata Duda.
Zwieńczeniem wydarzenia był wykład inauguracyjny pod tytułem “Jana Pawła II dialogi z kulturą”, który wygłosił ks. dr Paweł Ptasznik.